Βάζουμε ένα αντικολλητικό τηγάνι σε δυνατή φωτιά και προσθέτουμε 2-3 κ.σ. ελαιόλαδο.
Ψιλοκόβουμε το φρέσκο κρεμμύδι, το βάζουμε στο τηγάνι και προσθέτουμε αλάτι και πιπέρι.
Προσθέτουμε το σπανάκι, το ξύσμα από το λεμόνι και σοτάρουμε για 5-10 λεπτά μέχρι να πέσει ο όγκος από το σπανάκι.
Αφαιρούμε από τη φωτιά, βάζουμε το ξερό θυμάρι και τον δυόσμο ψιλοκομμένο.
Απλώνουμε τις κρέπες στον πάγκο εργασίας μας.
Μοιράζουμε τη γέμιση σε κάθε κρέπα με μία τσιμπίδα ώστε να μείνουν τα υγρά στο τηγάνι.
Σπάμε τη φέτα με τα χέρια μας και την προσθέτουμε σε ένα μπολ μαζί με 300 γρ. κεφαλοτύρι. Ανακατεύουμε με ένα πιρούνι και προσθέτουμε 2 κ.σ. σε κάθε κρέπα.
Τυλίγουμε τις κρέπες και τις βάζουμε σε ένα πυρέξ 25*35 εκ.
Περιχύνουμε τις κρέπες με την κρέμα γάλακτος και πασπαλίζουμε με το μείγμα τυριών που έμεινε στο μπολ.