Σε βραστό αλατισμένο νερό ρίχνουμε τις πένες και τις βράζουμε 2 λεπτά λιγότερο από τις οδηγίες της συσκευασίας.
Στραγγίζουμε και ρίχνουμε τα ζυμαρικά σε ένα μπολ προσθέτουμε το ελαιόλαδο και ανακατεύουμε.
Σε ένα τηγάνι ρίχνουμε το ελαιόλαδο, το ψιλοκομμένο κρεμμύδι και το σοτάρουμε για 2 λεπτά.
Προσθέτουμε τα ψιλοκομμένα μανιτάρια και τα σοτάρουμε για 3 με 4 λεπτά.
Ρίχνουμε το Αμύγδαλο χωρίς ζάχαρη, το σκόρδο σε σκόνη, το αλάτι, το μοσχοκάρυδο, το αλεύρι για όλες τις χρήσεις και ανακατεύουμε πάνω στη φωτιά μέχρι να πήξει.
Ρίχνουμε τα ζυμαρικά μέσα στη σάλτσα και τα ανακατεύουμε πολύ καλά.
Αλείφουμε με ελαιόλαδο και φρυγανιά ένα πυρέξ 25×30 και προσθέτουμε τη μισή ποσότητα από τα ζυμαρικά.